إندلعت الحرب بين أذربيجان وأرمينا في عام 1988 إستمرت لمدة ستة سنوات وإنتهت بإحتلال أرمينيا لما يقرب من 20 % من الأراضي الأذرية واضطر حوالي مليوني مدني في خلال ذلك للهروب أوالهجرة إلى المناطق الداخلية في أذربيجان. وفي عام 1991، ونتيجة لضغوط شعبية، قام البرلمان الأذري بإصدار قرار يلغي فيه وضع الحكم الذاتي في منطقة مرتفعات كارا باغ (ناغورني كاراباخ). ونتيجة لهذا وفي أعقاب هذا القرار قام برلمان ناغورنو كاراباخ والتي يمثل الأرمن أغلبية سكانها بإجراء استفتاء شعبي وإعلان الاستقلال. وانسحبت القوات السوفيتية من المنطقة عام 1992 لتترك خلفها توترات بسبب الجماعات المسلحة من المتطوعين الأرمن فترة من الزمن والتي بدأت بتنفيذ العديد من الأعمال الإرهابية كالقتل والهجوم على المدنيين الأذريين وقطع طرقهم . وفي بداية عام 1990، اضطر حوالي 186 ألفا من الأذريين الرحيل من أرمينيا إلى أذربيجان. وفي أكتوبر عام 1991، تم الاستيلاء على قرية أذرية من قبل الأرمن .

وقامت القوات المعتدية الأرمنية بتاريخ 26 فبراير 1992 إلى ارتكاب مذبحة شنيعة ضد سكان مدينة خوجالي في إقليم ناغورني بقارة باغ الأذربيجاني مستخدمة في ذلك أحدث أنواع الأسلحة الفتاكة بدون تمييز وقتل فيها الأبرياء بوحشية. ووفقا للأرقام الرسمية فقد قتل 613 مدني من بينهم 106 إمرأة و83 طفل . ولكن وفقا لمصادر مستقلة يتجاوز عدد الأشخاص الذين قتلوا في هذه الهجمات أكثر من 1300 قتيل فضلا عن 487 جريح أصيبوا بجروح خطيرة إضافة إلى 275 أسير كل ذلك من قبل القوات الأرمينية الذي لم يتمكن حتى الأن الحصول على أي معلومات عن 150 أسيرا منهم .

وأسفرت الهجمات التي نفذت في الليلة الأولى من المجزرة عن مقتل جميع أفراد ثماني عائلات وإستمرت لتخلّف أكثر من 700 طفل قتل أمه أو أباه . وادعت روسيا وقتئذ أنه ليس لها علاقة بذلك الأحداث إلا أنه تم الكشف عن أن فوج يحمل رقم 366 في الجيش الروسي قد حاربت فعليا جنبا إلى جنب الأرمن وذلك في بدايات خريف عام 1991 .