بدت آثار الدماء واضحة على الجدران، فيما قام الإسرائيليون بمسح الدماء من على الأرضيات و أرجاء متعددة، كما انتشر الرصاص هنا و هناك، فيما خربت كل الأجهزة الإلكترونية داخل مقصورة القبطان، فيما تم الإستيلاء على أخرى.
كومت ثياب الركاب و حقائبهم فوق بعضها البعض، و انتشرت روائح كريهة داخل السفينة بسبب فساد الأغذية و نقص الهواء و الحرارة، و امتزجت بروائح الدم.
قام الإسرائيليون بتنظيف أقسام من السفينة، و تقوم فرق البحث بتصوير كل ما تقع عليه أعينهم ليستعمل كدليل ضد الجريمه الإسرائيلية، منها القيود البلاستيكية التي كان الجنود يقيدون بها الركاب.
تم فتح الحاويات التي كانت على متن سفينة \'\' دفنة \'\'، و قد وجدت فيها آلات تصوير و كاميرات و أكسسوارات تخص الصحافيين الذين كانوا مرافقين للأسطول، إلى جانب بروجيكتورات، و مكبرات صوت، هواتف و غيرها من الأدوات.
و قام خبرات المتفجرات بالتأكد من خلو الحاويات و السفن من أية مواد متفجرة.
علق حسين أوروتش، عضو مجلس إدارة هيئة الإغاثة و المساعدات الإنسانية عن وضع السفينة قائلا : \'\' لقد قلبوا السفينة رأسا على عقب، عاثوا فسادا في كل الأرجاء، مازالت اثار الدماء على الجدران و سترات النجاة، الرصاص منتشر في كل مكان، و مازال أثر الرصاصة التي قتلت الشهيد جودت كيليتشلار واضحا في المكان الذي سقط فيه..لقد غيروا معالم السفينة و حولوها إلى غير تلك التي كنا على متنها..\'\'
