Savcıların incelemesinden sonra, İHH ekipleri ve gazeteciler de İskenderun’a demirleyen Mavi Marmara gemisine alındılar.
Gemiden çekilen ilk fotoğraflar yaşanan dehşetin boyutlarını çarpıcı bir şekilde gösteriyor. Yerlerdeki kan izlerini silen İsrail’in duvarda bulunan kan izlerini olduğu gibi bıraktığı görülüyor. Birçok yerde mermiler bulunurken kaptan köşkündeki elektronik cihazların tamamı parçalanmış, hasar görmüş durumda. İsrail, delilleri yok etmek için birçok cihazı ya almış ya da kullanılamayacak hale getirmiş.
Mavi Marmara yolcularının özel eşyaları üst üste istiflenmiş, tüm eşyalar siyah torbalara doldurulmuş. Gemide bulunan yiyecek ve giyeceklerin kokusu birbirine karışmış.
Mavi Marmara gemisinin seyir odasındaki cihazlara zarar verildiği, kurşun deliklerinin boyayla kapatıldığı, bazı camlarda kurşun delikleri olduğu, eşyaların bir arada toplandığı, yerde bir tabanca mermisi olduğu, geminin tuvaletlere kadar her yerinin temizlendiği görüldü. Bu arada, savcılığın delil olarak topladığı eşyalar arasında kan lekeli yırtılmış giysiler ile can yelekleri, kelepçeler ve gemiye inen İsrail askerinden birinin giydiği belirtilen yeşil yelekler de vardı. Gemideki incelemelere katılan mağdur avukatlarından biri de, gemideki bazı fotoğrafların üzerine İsrail askerlerince çarpı atıldığını söyledi. Defne-Y gemisindeki konteynerler de, açılmaya başlandı. Konteynerlerden kameralar, fotoğraf makineleri, tripodlar, projektörler ve hoparlör gibi basın mensuplarına ait olan ve gemiden canlı yayın yapılması için kullanılan malzemelerin yanında bisiklet, bilgisayar klavyesi, sabit telefon, su ısıtıcı ve olta gibi malzemelerle çok sayıda karton kutunun çıktığı görüldü. İncelemelere bomba imha uzmanları eşlik etti.
Mavi Marmara’ya giren İHH Yönetim Kurulu Üyesi Hüseyin Oruç, geminin İsraillilerin elinde başka bir surete büründüğünü belirtti. Oruç, “Gemide her şeyi alt üst etmişler. Her taraf dağıtılmış, bütün cihazlar kırılmış. Duvar ve can yeleklerinde kan izleri var. Şehit Cevdet Kılıçlar’ın vurulduğu yerde epey bir mermi izi var. Mermiler kalın sacları delmiş. Çok sayıda mermi bulduk. Gemi çok kötü kokuyor. Bizim gemiden eser yok.” şeklinde konuştu.